Mobile Suit Gundam: The Witch from Mercury se desarrolla en A.S. (Ad Stella) 122, una era en la que multitud de corporaciones se han expandido al espacio y han construido un enorme sistema económico en torno a los mobile suits. Desde el remoto planeta Mercurio, una chica solitaria se traslada a la Escuela de Tecnología Asticassia, una academia dirigida por el Grupo Beneritt, la fuerza que domina la industria de los mobile suits. Su nombre es Suletta Mercury y, con una luz escarlata ardiendo en su corazón puro, se adentra paso a paso en un nuevo mundo moldeado por la competencia, los privilegios y la maquinaria del poder corporativo.
En Asticassia, la llegada de Suletta la involucra en la vida de Miorine Rembran, Elan Ceres, Guel Jeturk y Shaddiq Zenelli, estudiantes cuyas rivalidades y ambiciones reflejan las tensiones más amplias que rodean a la escuela. Ambientada en una línea temporal propia de Gundam, la serie combina drama escolar con combates de mechas y la influencia política de las compañías que gobiernan el espacio, mientras sigue a Suletta en su intento de definirse a sí misma en un entorno donde cada duelo, alianza y decisión puede acarrear consecuencias que van mucho más allá del aula.