Mobile Suit Gundam SEED está ambientada en C.E. 71, cuando la guerra entre los Naturales de OMNI y los Coordinadores de ZAFT alcanza la colonia neutral de Heliopolis. Kira Yamato, un Coordinador civil de Orb que estudia en la escuela técnica de la colonia, se ve atrapado en el ataque cuando una unidad de ZAFT secuestra cuatro de los cinco nuevos mobile suits desarrollados por la Alianza Terrestre. Para salvar su vida y la de sus amigos, Kira toma el control de la última unidad, el Strike, y sube a bordo del buque de la Alianza Terrestre Archangel, al mando de Murrue Ramius. La batalla se vuelve aún más dolorosa con la reaparición de Athrun Zala, amigo de la infancia de Kira y también Coordinador, que ahora sirve como soldado de ZAFT y es uno de los secuestradores de Heliopolis, lo que sume a Kira en la desesperación al verse convertido en enemigo tanto de su amigo como de su propio pueblo.
A partir de ese momento, la serie pasa de una única incursión a un conflicto más amplio, marcado por soldados, civiles y herederos políticos de todos los bandos, entre ellos Cagalli Yula Athha y Lacus Clyne. Los combates entre mobile suits, las lealtades divididas y el coste cada vez mayor de la guerra entre Naturales y Coordinadores impulsan la historia mientras el Archangel atraviesa un mundo cada vez más inestable. Una remasterización en HD comenzó a emitirse el 23 de diciembre de 2011; eliminó dos episodios recopilatorios e incorporó animación nueva y actualizada, una conversión a 16:9 y música renovada.
