『Yomi no Tsugai』は、昼と夜が奇妙に分断された孤立した村を舞台とし、ユルは動物を狩る猟師として育ち、一方で妹のアサは檻に入れられ、会える相手が制限される特別な役目を課されている。
その脆い均衡は、村人たちに「竜」と呼ばれるヘリコプターに乗った武装した男たちがユルを捜して村を急襲し、大人をその場で容赦なく殺害したことで崩れ去る。ユルがアサのもとへたどり着いて逃げ出そうとするなか、事態はさらに深刻化し、襲撃の余波と、その攻撃に関わった謎の女性が自分こそ本当の双子の姉妹だと名乗ることで、より深い危機へと巻き込まれていく。
ユルは、たびたび村を訪れている部外者の竜「デラ」田寺リュウに救われるが、安堵は長く続かず、ふたりはすぐに再び追い詰められる。生き延びるための必死の手段として、デラはユルに村の神へ贈り物を捧げるよう強い、すると一対のダエモンが召喚される。その存在は、襲撃の真相、双子の秘密、そして村を結びつけている隠された力を少しずつ明らかにしていく。