『永久のユウグレ』では、高校生のアキラ・ヒメガミが長い冷凍睡眠から目覚め、戦争によって自分の知る世界が崩壊していることを知る。かつて暮らしていた街は廃墟と化し、社会はOWELと呼ばれる組織によって統治され、従来の結婚という概念は「エルシー」と呼ばれる新たな制度に置き換えられている。かつての生活から切り離されたアキラは、慣習も価値観もほとんど異質に感じられる未来を生き抜かなければならない。
その答えを探す旅は、恋人のトワサに驚くほどよく似た少女・ユウグレとの出会いによって思わぬ方向へ転じる。ユウグレがやさしく「アキラ……私と結婚してください」と告げたとき、アキラは信じがたい思いと、変わり果てたこの世界のどこかにトワサがまだ生きているかもしれないという切実な希望のあいだで揺れる。ユウグレとともに旅することを選んだアキラは、紛争とOWELの規則、そして見慣れない愛のあり方によって形を変えた社会を巡る旅を始める。その過程で彼は、この時代におけるさまざまな愛情表現に触れ、人々を結びつけるものは何か、記憶はいかにして変化の中で生き延びるのか、そして未来はなお、残された感情の居場所となりうるのかを、少しずつ問い直していく。