『Ninja to Gokudou』は、古来より忍者とヤクザが血で血を洗う戦いを続けてきた世界から始まる。帝国が興亡を繰り返すなか、その争いは時代を超えて血を流し続けてきた。現代においても、かつての憎悪はネオンの光と街路の裏に潜み、表面下ではなお生き続けている。
物語の中心となるのは、忍者のシノハと、極道の道を歩むギャングのキワミである。二人は出会い、共通の思惑を見いだすが、その意外な結びつきは、互いに忘れ去られていない300年越しの怨恨を揺るがしかねない。やがて二人の絆は、両陣営の均衡を変えうる、奇妙で危ういブロマンスへと発展していく。
対立が激化するにつれ、『Ninja to Gokudou』は両者の抗争を真の究極の力をめぐる戦いへと変え、古い伝統と現代的な犯罪野心をぶつけ合わせる。シノハとキワミが忠誠、暴力、そして思いがけない友情の狭間に置かれるなか、本作は、一つの関係が何世紀にも及ぶ戦争を書き換えられるのかを問いかける。