『ヒカルの碁』は、囲碁にほとんど興味のない少年・進藤ヒカルが、祖父の屋根裏で古い囲碁盤を見つけ、平安時代の名手で、かつて日本の天皇の師範を務めた藤原佐為の霊を目覚めさせるところから始まる。佐為は、誰も到達したことのない神の境地という未完の夢をかなえる機会を、何世紀にもわたって待ち続けてきたが、自分の肉体を持たないため、その目標を追うにはヒカルの手を盤上へ導くほかない。
当初は消極的な協力関係にすぎなかった二人だが、やがてヒカルは競技囲碁の世界へ引き込まれていく。佐為の導きのもと、ヒカルは囲碁を形づくる奥深さ、重圧、そして誇りを学び、同時に自分自身の感覚と、自分なりのやり方で勝つことの喜びを少しずつ見いだしていく。その道は、類まれな才能と強い向上心を持つ若き天才・塔矢アキラと出会ったことで、さらに熱を帯びる。アキラはヒカルにとって最も手強いライバルとなる存在である。佐為の野心、アキラからの挑戦、そして自らの力を証明したいという思いのあいだで揺れながら、ヒカルの成長は、ライバル関係、鍛錬、そして自分自身の力で盤上に立とうとする決意を軸とした青春物語へと変わっていく。