『.hack//SIGN』は、広大なMMORPG「The World」を舞台に、司が自分がどのようにそこへ入ったのか明確な記憶を持たないまま目を覚まし、しかもログアウトする方法もないところから始まる。孤立し、混乱した若きウェイヴマスターは、自分が何者なのか、そしてなぜ周囲の世界がこれほど不安定に感じられるのかを知ろうと、ゲーム内の街やフィールドをさまよい続ける。この状況はすぐに紅衣の騎士団の注目を集め、猫のような姿をした改変キャラクターと行動しているところを目撃された司を、ハッカーではないかと疑い始める。
司が答えを求めるほど、謎はさらに深まっていく。守護者の姿をとる魔法のアイテムが彼を危害から守る一方で、それはThe World内で彼をいっそう目立つ存在にもする。紅衣の騎士団のリーダーであるスバルをはじめ、司と接点を持つ他のプレイヤーたちは、彼がログアウトできない原因の究明に乗り出し、その事態が単独の異常なのか、それともThe Worldそのものの安定を脅かしかねない何かの兆候なのかを見極めようとする。物語は、彼の深まる孤立、少数の重要なプレイヤーたちとの間に築かれる脆い信頼、そして規則がもはや頼りにならない場所で、友情と疑念の間に引かれる不安定な境界を描く。
