『Fairy Gone』の舞台は、妖精が動物の体内に宿り、奇妙な能力を与える世界である。戦争中、その力は、憑依された動物から臓器を取り出して人間に移植するという残虐な過程によって兵器化され、妖精を分身として召喚できるようにされた。彼らと共に戦った者たちは「妖精兵士」と呼ばれ、戦争がようやく終結すると、自分たちがどのような未来を築くべきかを選ばなければならなかった。政府に仕える者もいれば、マフィアに流れる者もおり、テロリズムに身を投じて、戦争の対立を平時へ持ち込む者もいた。
9年後、マリヤは、妖精に関わる犯罪の捜査と抑止を担う組織ドロテアに加わる。政治的緊張が依然として不安定な中、戦争とそれ以前の紛争が残した傷痕が再び表面化し、復讐心に駆られた襲撃が全国に広がる。そのような状況の中で、『Fairy Gone』は、変化する忠誠の間で揺れ動き、戦争の遺産と向き合い、分断された戦後世界で自らの正義を模索する妖精兵士たちを描く。