Fairy Gone transcurre en un mundo en el que las hadas viven dentro de los animales y les otorgan habilidades extrañas. Durante la guerra, ese poder se convirtió en un arma mediante un proceso brutal que extraía los órganos de un animal poseído y los trasplantaba a seres humanos, lo que permitía invocar a las hadas como alter egos. Quienes combatieron con ellas llegaron a ser conocidos como Fairy Soldiers y, cuando la guerra terminó por fin, tuvieron que decidir qué futuro querían construir. Algunos entraron al servicio del gobierno, otros acabaron en la mafia y otros abrazaron el terrorismo, llevando el conflicto a la época de paz.
Nueve años después, Mariya se une a Dorothea, la organización encargada de investigar y reprimir los delitos relacionados con las hadas. Mientras las tensiones políticas siguen siendo inestables, las heridas dejadas por la guerra y por conflictos anteriores vuelven a aflorar, y los ataques motivados por la venganza se extienden por todo el país. En ese contexto, Fairy Gone sigue a estos Fairy Soldiers mientras navegan entre lealtades cambiantes, afrontan el legado de la guerra y luchan por definir su propia idea de justicia en un mundo de posguerra fracturado.
