La melancolía de Haruhi Suzumiya se centra en Kyon, un estudiante de secundaria cínico que hacía tiempo que había dejado de esperar alienígenas, viajeros del tiempo o psíquicos en la vida escolar corriente, hasta que conoce a Haruhi Suzumiya el primer día. Haruhi es brillante, inquieta y está obsesionada con encontrar algo más allá del mundo cotidiano, y cuando Kyon, al pasar, la orienta hacia el tipo de club que ella busca, ella lo arrastra a ayudar a fundar la Brigada SOS, la Brigada de Haruhi Suzumiya para Difundir la Diversión por Todo el Mundo.
A partir de ahí, Haruhi recluta a miembros que, a simple vista, parecen corrientes: la tranquila ratona de biblioteca Yuki Nagato, la tímida alumna de cursos superiores Mikuru Asahina y el siempre optimista Itsuki Koizumi. Cada uno de ellos guarda secretos vinculados con Haruhi, y Kyon pronto se ve arrastrado de un incidente disparatado a otro mientras la brigada persigue rumores, sucesos extraños y explicaciones imposibles. Lo que comienza como un club escolar excéntrico se convierte en una historia sobre la extraña fuerza que Haruhi ejerce sobre el mundo, y sobre los intentos de Kyon por sobrevivir en una realidad en la que lo extraordinario sigue irrumpiendo en la vida cotidiana.