En Death City, Soul Eater sigue a la Academia de Armas Mortíferas y Maestros (DWMA), donde los meisters y las armas humanas entrenan juntos para crear Guadañas de la Muerte dignas de Lord Death. Para alcanzar ese rango, un equipo debe reunir 99 almas malvadas y un alma de bruja, lo que convierte cada misión en una peligrosa prueba de destreza, contención y confianza. Los estudiantes de Shibusen se ven arrastrados a combates contra monstruos, brujas y sus propios defectos, y hasta la alianza más sólida puede fracasar si un meister y su arma no se mueven al unísono.
En el centro de la historia están Soul Eater Evans y Maka Albarn, cuyo vínculo incierto se pone a prueba mientras aprenden a combatir al unísono y a confiar el uno en el otro bajo presión. A ellos se suman el temerario Black☆Star y su arma Tsubaki, junto con Death the Kid, un luchador perfeccionista que empuña las pistolas gemelas Patty y Liz. A lo largo de sus batallas, Soul Eater combina fantasía oscura, comedia y acción en un mundo marcado por la disciplina, la lealtad y la lucha constante por mantener en equilibrio cuerpo, mente y alma.