En Sekirei, Minato Sahashi es un joven de 19 años inteligente, pero con dificultades, que ha suspendido por segunda vez los exámenes de acceso a la universidad y es considerado un inútil por quienes lo rodean. Su vida cotidiana cambia en un instante cuando Musubi, una hermosa mujer sobrenatural, cae del cielo y aterriza frente a él.
Musubi es una Sekirei, una extraterrestre humanoide con habilidades extraordinarias, y enseguida percibe algo especial en ese joven aparentemente corriente. Después de besar a Minato, despierta el vínculo entre ambos y lo introduce en el mundo oculto de los Sekirei, donde los humanos que portan el gen Ashikabi pueden desbloquear poderes latentes adicionales a través de sus parejas. Lo que comienza como un encuentro desconcertante pronto se convierte en una peligrosa lucha por la supervivencia. Minato y Musubi se ven obligados a participar en el Plan Sekirei, una competencia despiadada en la que los combatientes emparejados deben soportar enfrentamientos cada vez más intensos y resistir más que las demás parejas. A medida que Minato aprende cómo funciona realmente el concurso, descubre que toda alianza, confrontación y decisión puede alterar el equilibrio de poder, y que lo que está en juego es mucho mayor de lo que imaginaba al principio.
