Ninja to Gokudou se desarrolla en un mundo en el que los ninja y la yakuza están enfrascados desde tiempos antiguos en una guerra brutal, un conflicto que ha derramado sangre a lo largo de las eras, mientras los imperios surgen y caen. En la época moderna, ese antiguo odio sigue vivo bajo la superficie, aunque ahora se esconda tras las luces de neón y las calles de la ciudad.
En el centro de la historia están Shinoha, un ninja, y Kiwami, un gánster que sigue el camino de la yakuza, los gokudo. Cuando ambos se conocen, descubren que tienen intereses en común, y ese vínculo improbable amenaza con alterar un rencor de 300 años que ninguna de las dos partes ha olvidado. Su relación se convierte en una extraña y peligrosa amistad que podría cambiar el equilibrio entre estos dos enemigos de toda la vida.
A medida que el conflicto se intensifica, Ninja to Gokudou transforma su rivalidad en una lucha por el auténtico poder supremo, enfrentando las viejas tradiciones con la ambición criminal moderna. Con Shinoha y Kiwami atrapados entre la lealtad, la violencia y una amistad inesperada, la serie se pregunta si una sola relación puede reescribir una guerra centenaria.
