Great Teacher Onizuka sigue a Eikichi Onizuka, de veintidós años, antiguo líder de una banda de motoristas, conquistador de Shonan y virgen, decidido a convertirse en el mejor profesor de instituto de Japón, no por devoción a la educación, sino porque quiere una esposa adolescente cariñosa cuando sea viejo y canoso. Pervertido, codicioso y perezoso en apariencia, Onizuka sigue teniendo más corazón, temple y determinación de los que nadie espera. Cuando consigue un puesto como profesor tutor de la clase 3-4 en la prestigiosa Academia Holy Forest, incluso después de hacerle un suplex al subdirector, se encuentra asignado a uno de los grupos más notorios del centro.
La clase 3-4 trata con desprecio a todos los profesores nuevos y recurre a la guerra psicológica para expulsarlos, pero Onizuka se niega a ceder. En lugar de eso, se enfrenta al acoso escolar, al suicidio y al acoso sexual que marcan la vida cotidiana de sus alumnos, a menudo con métodos arriesgados y poco convencionales que ningún profesor corriente se atrevería a poner en práctica. Ya sea poniendo en peligro su propio cuerpo para evitar una tragedia o saltando desde un edificio para salvar a un niño con ideas suicidas, afronta cada crisis de frente. Con su encanto excéntrico, su franqueza brutal y su carácter amante de la diversión, Onizuka se gana poco a poco la confianza de la clase 3-4 y demuestra que la escuela puede ser algo de lo que disfrutar, en lugar de temer.