『夜のクラゲは泳げない』（Yoru no Kurage wa Oyogenai、英題：Jellyfish Can't Swim in the Night）は、小学生時代に自作の色鮮やかなクラゲの壁画を同級生に笑われたことをきっかけに絵を描くのをやめてしまった、才能ある若きアーティスト・光月まひるを描く。心の痛みは何年も尾を引き、かつては自然に抱いていた情熱から彼女を引き離していた。そんな彼女の人生が動き始めるのは、つらい過去を抱えながらも夢を諦めようとしない元アイドル、山ノ内花音と出会ってからである。
まひるが花音の新しい音楽プロジェクト「JELEE」のマスコットデザインを依頼されると、彼女は置き去りにしていた創作の世界へ戻る最初の一歩を踏み出す。この企画を本物にするため、まひるは幼なじみでプロストリーマーの渡瀬キウイに協力を頼み、JELEE初のミュージックビデオ制作を手伝ってもらう。さらに輪は広がり、花音がアイドルとして築いてきた活動の熱心なファンであるピアニスト、高梨・キム・アヌーク・めいが加わり、少女たちはJELEEを世界的ヒットにするという目標を追い始める。
協力が深まるにつれて、彼女たちはそれぞれ、長年つきまとってきた不安、失望、そして重荷と向き合い、過去に自分の行く先を決めさせることなく前へ進む術を学んでいく。
