『トリアージX』は、組織犯罪や汚職、街頭暴力がはびこり、通常の法執行機関だけでは対処しきれなくなった都市を舞台とする作品である。警察の手が混乱の元凶にまで及ばなくなると、秘密の自警部隊「ブラックラベル」が致死的な実力行使によって介入する。望月総合病院を表向きの拠点として活動するこの組織は、同病院の理事長である望月正宗の指揮下にある。テロ事件によって家族と親友を失った三神嵐は、ブラックラベルの苛烈な裏社会との戦いに引き込まれ、その最前線で戦う一員となる。
嵐は、木場美琴や梨田織葉らの隊員とともに、武器商人、腐敗した公職者、ギャングの首領など、都市の崩壊によって利益を得る危険人物たちを標的とする。『トリアージX』は、銃撃戦、近接戦闘、ブラックユーモアに加え、露骨な官能性とサービス描写の強い作風を併せ持つが、その中心にある対立は、あらゆる非道に対して圧倒的な武力で応じることを辞さないチームの戦いである。任務を重ねるごとに、ブラックラベルは報復の連鎖と移ろう勢力争いへさらに深く踏み込んでいき、嵐とその仲間たちは、すでに通常の法執行の枠を超えてしまった都市で戦い続ける。