『桃源暗鬼』では、鬼と桃太郎の血統が数千年にわたって争いを続けてきた。鬼は、人でありながら鬼の血を引く存在であり、その激しい性質ゆえにかつてはひっそりと身を潜めていた。しかし、その脆い平穏は桃太郎による襲撃によって破られ、争いはやがて「鬼機関」と「桃太郎機関」という対立勢力を生むまでに激化していく。現代では、気性が激しく銃器を愛好する一ノ瀬四季は気ままな日々を送っているように見えたが、退学処分と突然の襲撃によって、思いもよらぬ苛烈な抗争へと引きずり込まれる。養父の一ノ瀬剛志に助けられて逃れる中で、四季は自らの血筋の真実を知る。自分は鬼の末裔であり、剛志と追手はいずれも桃太郎の血統に属していたのである。
その事実は激しい戦いへと発展し、剛志は四季を守るために命を犠牲にする。その死をきっかけに、四季の鬼の血に秘められていた力が覚醒する。覚醒は彼に絶大な力を与える一方で暴走も招き、敵には逃げられてしまうものの、この一件は羅刹学園の鬼の教師・無陀野無人の目に留まる。無陀野の導きのもと、四季は力の制御を学び、父の仇を討ち、皇后崎迅のような人物とも交錯する血統の戦いを生き抜くため、鬼の世界へ足を踏み入れるのである。
