アメリカ合衆国は、地球に落ちた黒い隕石から生まれた侵略的な種族D2の出現以来、混沌としています。D2の音楽への憎悪によるさらなる犠牲を防ぐために、市民がメロディを演奏することを禁止する公令が出されました。この禁止令は2047年の現在でも有効です。人類がD2に対抗する唯一の手段は、クラシック音楽の楽曲を表現する若い女性たち、ミュージカーツと、彼女たちを操る指揮者たちです。
冷淡なピアノの天才、タクト・アサヒナは、突発的なD2の攻撃を受けて指揮者に変身します。同じ事件でアンナ・シュナイダーの妹、コゼットが命を落とし、タクトは彼のミュージカーツ、デスティニーと出会います。二人の契約を安定させる手段を探しながら、タクトとデスティニー、そしてアンナはニューヨーク市のシンフォニカ本部への危険な旅に出発します。
タクトは再びピアノを演奏するために急いで街に向かっていますが、彼の情熱は彼が嫌悪する生き物を引き寄せてしまいます。一方、デスティニーの義務感は、グループをトラブルに巻き込んでいきます。D2で infest された道と多くの困難な障害が待ち受ける中、三人は無事にニューヨーク市にたどり着けるのでしょうか?