終わりのセラフは、謎のウイルスによって13歳以上の人間がすべて死滅し、子どもたちだけが取り残された世界を舞台としている。やがて吸血鬼の一族が姿を現して廃墟を支配し、保護と引き換えに人間の血を要求することで、生き残ること自体が取引となる。この崩壊の中心にいるのが百夜優一郎と百夜ミカエラであり、二人は家族同然に思うほかの子どもたちとともに監禁されながら、世界が自分たちを取り囲んでいく中で互いに寄り添って育つのである。
脱出の試みが彼らの人生を引き裂いたのち、優一郎は日本で吸血鬼の殲滅を担う軍事部隊・月鬼ノ組に引き取られ、のちに日本帝鬼軍へ加わる。新たな仲間とともに戦う中で、彼は復讐、忠誠、そして置き去りにした人々との間をつなぐ、消えることのない絆とのあいだで揺れ動くことになる。
終末後のアクション、超自然的な戦い、そして感情の葛藤を織り交ぜた終わりのセラフは、人類の残骸を受け継ぐことを余儀なくされた子どもたちの物語であり、吸血鬼との戦いで得られる勝利には、常に痛みを伴う代償がつきまとうのである。