Romeo x Julietは、浮遊大陸ネオ・ヴェローナを舞台に、モンタギュー家がカプレット家を皆殺しにして王国を掌握したところから物語が始まる。王位の正統な継承者であるジュリエット・フィアマータ・アスト・カプレットは、この襲撃を生き延び、忠臣たちによって14年間匿われる。その間、いつか残虐なモンタギュー政権を打倒できるかもしれないという希望を胸に育てられてきた。
成長したジュリエットは、「紅の旋風」と呼ばれる自警の戦士として、密かにネオ・ヴェローナの圧政に苦しむ市民を守っている。そんなある日、彼女は独裁者ラエルテス・モンタギュー公の心優しく献身的な息子、ロミオ・カンドレバント・モンタギューと出会う。互いの正体を知らぬまま一目で恋に落ちるが、両家の憎しみが二人の再会のたびに危険をもたらす。
しかし、二人の絆にはさらに深い呪いが影を落としている。モンタギュー家とカプレット家がなおも互いの滅亡を望んでいるだけでなく、ネオ・ヴェローナの地下に封じられた古代の秘密もまた、二人の愛を引き裂こうとしているのである。Romeo x Julietは、定めに抗って戦う二人の姿と、血で築かれた王国で愛が生き残れるのかを問う物語である。