Petals of Reincarnationは、才能ある年上の兄の影の下で何年も過ごし、才能とは自分以外の人間が生まれつき備えているものにすぎないと信じてきた高校生、トウヤ・センジを描く。その鬱屈した日々は、前世の才能を呼び覚ますことのできる奇妙な物体、転生の枝の存在を知ったことで一変する。ただし、その力を得る代償は、自らの喉を掻き切ることだった。
トウヤが、すでに前世の能力を取り戻したリターナーである同級生のハイト・ロウ・バフェットと出会ったことで、彼の生活は、力が決して無償ではなく、あらゆる優位に苛烈な代償が伴う秘密の世界へと引きずり込まれていく。連続殺人犯との戦いに身を投じるハイトの姿は、その世界がいかに危険であるかを示す一方、転生の枝の使い手たちは前世の自分が持っていた力を手にする権利をめぐって争う。トウヤは、自分がずっと羨んできた力を他人が次々と手にしていくのを目の当たりにしながら、自らの限界と向き合い、才能とは何かを問い直し、受け継いだ力がついに自分の人生に意味を与えうるのかを見極めなければならない。