『RDG: Red Data Girl』は、山の神社で育てられた十五歳の鈴原泉水子を中心に描く物語である。泉水子は過保護に育ち、極端に内気で、電子機器に触れると壊してしまうほどである。普通の学生として生きたいと願い、前髪を切って自分を縛ってきた狭い生活から抜け出そうとするが、やがて自分の周囲の世界が、想像もしなかったほど奇妙な力と結びついていることを知る。
神社では、保護者である相良雪政が息子の深行を彼女のそばで暮らすよう命じ、泉水子の生涯の従者兼守護者になるよう言い渡す。二人は幼少期から顔見知りだったが、深行は泉水子を執拗にいじめ続けたため、互いに相手を受け入れられない関係となっていた。そのぎこちない絆は、神社と学校での日常の中心となっていく。泉水子が自分自身の本質を理解しようと苦悩する一方で、雪政が彼女を女神だと主張することは、彼女のあらゆる選択に長く影を落とす。学園生活、神社の伝統、超常の謎を織り交ぜながら、『RDG: Red Data Girl』は、泉水子と深行が、反発、義務、そして未来を形作る隠された力に向き合っていく姿を描く。