『RAIL WARS!』は、国鉄が民営化されず、引き続き国の管理下に置かれているもう一つの日本を舞台とする。高山直人は、安定した快適な職を得ることを望んで日本国有鉄道の研修課程に入るが、確実な就職への道は想像していたよりはるかに平穏ではない。研修生である直人は、鉄道に関する知識だけでなく、日常の通勤風景が危険な状況へと変わった際にも冷静さを保てるかどうかを試され、日々何百万人もの乗客が頼る鉄道網の最前線に立つことになる。
直人の同期たちは、その研修の日々を絶え間ない緊急事態の連続へと変えていく。運動能力に優れた桜井あおいは活力と格闘能力でチームを支え、常に空腹の岩泉翔はいざとなれば真っ先に行動する。豊富な知識を持つ小海はるかは、その専門性で仲間たちをしっかりと支える。彼らは力を合わせ、ひったくりから爆破予告に至るまでさまざまな事件に対処しながら、鉄道とそれに頼る人々を守ることの意味を学んでいく。任務が激しさを増すにつれ、彼らは鉄道業界の民営化を目指す過激派組織RJとも衝突することになる。安定した未来を求める直人の歩みとして始まった物語は、線路の上でも外でも規律、連携、忠誠心が試される、めまぐるしい職場アドベンチャーへと発展していく。
