『Qualidea Code』では、空が引き裂かれ、アンノウンと呼ばれる異次元の存在が人類に突如として苛烈な攻撃を仕掛ける。これに対し日本は、戦争を最後まで戦い抜くまで子どもたちを守ろうと、国内のすべての子どもを冷凍睡眠に付す。
数年後、人類は日本の一角にかろうじて足場を築くことに成功し、そこは今や戦いの最前線となっていた。子どもたちが目を覚ますと、冷凍睡眠の間にそれぞれ固有の超常能力である「ワールズ」を獲得していることが判明する。最も強力な6人の子どもたちは、奪還した都市の指揮を任され、その力で拠点を防衛することになる。幼なじみのイチヤ・スザクとカナリア・ウタラは東京を、姉妹のカスミ・チグサとアスハ・チグサは千葉を、マイヒメ・テンカワとホタル・リンドウは神奈川を統括する。
アンノウンの攻勢は不気味なほど一定の間隔で続き、都市の責任者と副責任者の間には絶えず摩擦が生じ、日常的な防衛でさえ些細な対立や口論の連続となる。やがてアンノウンからの圧力が突如として増大すると、3都市は互いの違いを乗り越えて共闘しなければならず、さもなければ人類は最後の防衛線を失いかねない。