『オーバーロード』は、かつて人気を博した仮想現実MMORPG「ユグドラシル」が最終的なサービス終了を迎えるところから始まる。モモンガはその最後の瞬間までログインし続け、終わりを見届けるつもりでいたが、サーバーが停止するはずの時刻を過ぎてもログアウトせず、意識を保ったまま残されてしまう。彼は、自身の骸骨戦士アバターであるアインズ・ウール・ゴウンの身体の中で目を覚まし、やがて、ギルドの本拠地にいたNPCたちが自らの意志を持って動き、語り始めていることに気づく。
現実世界から切り離され、もはやゲームの法則に従わない世界に取り残されたアインズは、完全には説明できない危機の中で、ナザリックの忠実な守護者たちを導かなければならない。手がかりを探すうちに、謎はさらに広がっていく。ほかにこの新世界へ引き込まれた者はいるのか、なぜユグドラシルで馴染み深かった論理は崩壊したのか、そして人生がもはや単なるゲームではなくなったとき、自分自身のアイデンティティのどれほどが残りうるのか。アインズ・ウール・ゴウンの名に続く同盟、脅威、そして噂の一つ一つが、『オーバーロード』を必死の生存競争から、権威、支配、そして未知の世界の形をめぐる闘争へと変えていく。