『オトメ妖怪 ざくろ』は、西洋化によって日常生活や慣習、そして人間界と霊界の境界が変わりつつある、もうひとつの日本を舞台としている。名将として知られる大将の息子である総角景少尉は、超常的な存在に対する強い恐怖を生涯隠して生きてきたが、彼とほかの二人の将校が霊事務省へ配属替えになったことで、その恐怖が試されることになる。そこで彼らは妖怪たちと共に暮らし、共に働くことを強いられ、あらゆる任務が神経、信頼、協力の試練となる。
狐の精・櫛松の助けを借りながら、景は妖怪の乙女であるざくろ、薄蛍、鬼灯、ボンボリと協力し、超常事件を調査するとともに、人間と霊たちの間に横たわるぎこちない距離に向き合っていく。古い慣習と新しい考え方が衝突するなか、物語は脆い同盟関係や渋々結ばれる協力関係を追い、あわせて東西が出会うとき、土着と外来が交錯するとき、そして女性と男性が出会うときに生じる緊張も描き出す。超常事件を通じて、『オトメ妖怪 ざくろ』は、互いを信頼できるようになるまでの、ゆっくりとして困難な過程に焦点を当てている。
