Ninja Kamuiは、かつて忍者の暗殺者だったジョー・ローガンを中心に描かれる。ジョーは過去を葬り、偽名のもと、妻と子どもとともに田舎で静かな生活を築いていた。しばらくの間、ローガン一家は、ジョーが置き去りにした暴力の世界から逃れられたと信じていたが、その一方で、彼のかつての仲間たちが次々と高名な殺人事件の犠牲となり、旧い一族の影も着実に迫っていた。
やがて家族は皆殺しにされ、ジョーも死んだものと見なされるが、彼が守ろうとしていた生活は一瞬で崩壊する。病院で意識を取り戻したジョーは、さらに命を狙われるがそれも生き延び、かつて捨て去ろうとした秘伝の技に頼らざるを得なくなる。エマ・サマンダとマイク・モリスの両刑事がこの殺人事件を捜査する中で、彼らはジョーへの襲撃の余波と、ジョーがかつて仕えていた組織へと巻き込まれていく。
そこからNinja Kamuiは、裏切り、隠された正体、そして致命的な旧来の忠誠をめぐる容赦ない復讐劇となり、ジョーは自らを生み出した世界を滅ぼすため、過去に結びつく勢力を切り裂きながら戦っていく。