『NieR』は、異星人によって生み出された機械生命体が人類を地球から追放し、生存者たちが月へ退避を余儀なくされた、ポストアポカリプスの未来を舞台とする。遠く離れたその避難先から、人類の残党は地球奪還のため、人造のアンドロイド兵士からなる戦力「YoRHa」に依存している。最前線の中心にいるのが、YoRHa 2号B型、通称2Bであり、果てしなく続くかに見える敵に対抗する戦況を覆すべく任務に就く、規律正しい戦闘ユニットである。
機械との戦争が長期化するなかで、『NieR』はYoRHa部隊が、戦いの背後に隠された不穏な真実に向き合い始める様子を描く。2Bが戦い続けるほど、任務と疑念の境界は曖昧になり、人類の壮大な計画という概念も脆く見えていく。地球奪還の任務として始まった物語は、やがてアイデンティティ、存在意義、そして服従の代償をめぐる闘いへと変化し、2Bと仲間たちは、簡潔でも清潔でも、まして完全に人間的でもないかもしれない未来のために、どこまで犠牲を払うべきかを問われることになる。
