長門有希ちゃんの消失

どこか見覚えがありながらもどこか違う世界で、内気な読書家でゲーマーの長門有希は北高の文芸部の部長を務めている。慎重すぎる朝倉涼子とごく普通のキョンが部の唯一の他のメンバーだ。それでも長門は彼らとの静かな日々を楽しんでおり、特に想いを寄せるキョンと一緒にいる時間を大切にしている。 そこに、性格が正反対の鶴屋さんと朝比奈みくるという二人の友人が頻繁に文芸部に顔を出す。ある寒い12月の日、アパートに帰る途中の長門は、サンタを捕まえようとしているという少女に強引に地面に奇妙な印を描かされる。その少女は名門校・光陽園学院の風変わりな生徒、涼宮ハルヒだと名乗り、宇宙人、未来人、超能力者を探しているという。ハルヒとその仲間、古泉一樹が突然部室に現れると、二人は文芸部の正式な部員だと宣言し、ハルヒは事実上の部長として居座る。 文芸部の穏やかな日々は過去のものとなり、ハルヒの仕切る騒動の数々に長門たちは巻き込まれていく――そのたびに長門とキョンの距離はこれまでになく縮まっていく。