『MM!』は、マゾヒスティックな衝動のせいで、ごく普通の学園生活がたびたび公衆の面前での羞恥へと変わってしまう高校1年生・砂戸太郎を描く。太郎はこの問題を直そうとして、女装した友人・葉山辰吉を追って、放課後の奇妙な集まりである第二ボランティア部に入部する。そこは、やがて彼の混乱に満ちた日常の中心となっていく。
部室では、太郎は次第に石動美緒の周囲へ引き寄せられる。彼女は自分を神だと主張する一方で、猫を見ると取り乱してしまう部長であり、男の近くにいることすら苦手な結野嵐子、そして他人にコスプレをさせることを楽しむサディストの顧問・鬼瓦みちるもいる。彼らの集まりは誤解や無謀な勝負、そして増していく羞恥へと雪だるま式に発展し、1つの問題を解決しようとするたびに、さらに多くの問題を生み出していく。按摩を得意とする間宮由美や、発明部の部長・柊ノアといったクラスメイトたちも、混乱にさらに拍車をかける。
テンポの速い学園コメディ、個性的な面々、絶え間ない部室での騒動を織り交ぜながら、『MM!』は、太郎が自分の体質を克服するためにどこまでやるのか、そして周囲の人々がいかに彼をさらなる騒動へと引きずり込んでいくのかに焦点を当てている。
