『めだかボックス』は、完璧で美しく、運動能力にも優れた黒神めだかを主人公とする作品である。彼女の完璧さに匹敵するのは、他人を幸せにしたいという強い願いだけである。名門・箱庭学園の生徒会長選挙に立候補しためだかは、得票率98%で当選し、最初の行動として、どの生徒でも助けを求める依頼を投書できる目安箱「めだかボックス」を設置する。
幼なじみの人吉善吉という、皮肉屋でありながら半ば強引に彼女のそばで働かされる少年とともに、めだかは驚くべき速さで問題解決に乗り出し、依頼を一件解決するたびに生徒会室には花が一輪ずつ増えていく。学園中を花で埋め尽くそうとするこの奇抜な学園生活は、やがて箱庭学園の暗い側面を徐々に明らかにしていく。依頼は次第に奇妙さを増し、学園をめぐる隠された対立もより危険なものになっていく。
めだかと善吉がその対立へ深く巻き込まれていくにつれ、彼らは学園そのもの、さらにはめだか自身にも結びつく破滅的な計画を突き止める。その結果として生まれたのが、派手なアクション、風変わりな登場人物、そして当初の印象以上に奇妙な世界の中で理想主義を試されるヒロインを軸としたシリーズである。