Marika-chan no Koukando wa Bukkowareteiruは、冴えない少年が幼なじみのマリカにようやく告白する勇気を振り絞るものの、ほとんど説明のつかない事態に巻き込まれるところから始まる。流れ星に願いをかけた翌朝、彼は人々の頭上に隠れた恋愛メーターが見えるという奇妙な新能力を手にしており、まるで現実が恋愛シミュレーションゲームになったかのように感じられる。マリカを見たとき、そのメーターは壊れているとしか思えないほど低い。だが彼女の態度は相変わらず温かく、気配りに満ち、真意を読み取るのが難しい。
この矛盾は、その数値が彼女の本心を示しているのか、それとも自分の不運にすぎないのかを知りたいという彼の焦燥を募らせる。新たな力の限界を試すたびに、マリカとの会話は、希望、気まずさ、そしてやり直しの機会に満ちたぎこちないやり取りへと変わっていく。Marika-chan no Koukando wa Bukkowareteiruは、この不確かさを物語の中心に据え、恋はタイミングの悪さやすれ違う合図、そして理屈に合わない心を乗り越えられるのかを問いかける。