プレスターの世界では、飛行が主要な交通手段であり、惑星で生成される結晶の液体化した形であるクラウディアフルイドによって可能になっています。「ギルド」として知られる組織は空の絶対的な権限を持ち、このフルイドを利用するエンジンの独占を行っています。さらに、環境災害がアナトレイとディシスの戦争中の国々を不安定にする中、ギルドは両国間の争いを仲裁しています。対立の中心にいるのはスカイ・クーリエで、小型の二人乗りのバンシップを操縦し、自由に空を飛び回っています。
『ラストエグザイル』は、親を超えることを夢見る二人のティーンエイジャーの冒険を追います。著名なバンシップパイロットの息子であるクラウス・ヴァルカと、クラウスの親友でナビゲーターのラヴィ・ヘッドです。彼らのクーリエとしての仕事は、敵対する国々を隔てる「グランドストリーム」と呼ばれる気流を通過することであり、通常の飛行船でさえ生き残るのが難しい場所です。しかし、孤児の少女アルビス・ハミルトンを戦艦シルヴァナに届ける高評価の配達を引き受けたとき、彼らはギルドの力に立ち向かう、はるかに大きな対立に巻き込まれてしまいます。