『境界線上のホライゾン』の舞台は、荒廃した地球を捨てて星々へ移住した人類が、正体不明の力によって宇宙航行を不可能にされ、やむなく地球へ戻ってくるはるかな未来である。帰還した人々が知ったのは、地球がもはや人類を養えないという事実だった。ただし日本を除いては。生存者を収容するため、日本の周囲にはポケットディメンションが構築され、人類は『テスタメント』と呼ばれる聖典に従って自らの歴史を再演し始める。
テスタメント時代1413年、これらのポケットワールドから生まれた諸国が日本へ侵攻して征服し、もともとの住民を追放した。数世紀後の1648年、そうした難民たちは都市船ムサシに暮らし、歴史の再演を監督する権威であるテスタメント連合の常時監視下で、日本の周囲を周回していた。ところが、テスタメントが1648年以降の未来を突然示さなくなると、終末と全面戦争の噂が広まり始める。
この不確かな状況の中、武蔵・アリアダスト学院の総長連合を率い、生徒会長も務める葵・トーリは、同級生や仲間たちを集める。そして彼らとともに、ムサシのために戦う機会をつかみ、日本を支配する勢力に挑み、故郷を取り戻そうとする。