『クズの本懐』は、周囲からは理想的な恋人同士に見える安楽岡花火と粟屋麦を描く作品である。しかし実際には、二人はそれぞれ、結ばれることのない相手を想うという同じ人知れぬ痛みを抱えている。花火は物心ついた頃から幼なじみで隣人でもある鐘井鳴海に恋をしており、彼が新たな担任教師となったことに心を躍らせる。だがその希望は、音楽教師の皆川茜が鳴海に目を留め、二人の関係が深まり始めたことで揺らいでいく。
麦もまた、似た傷を抱えている。茜は彼が中学生の頃に家庭教師を務めていた相手であり、麦はそれ以来ずっと彼女を想い続けている。廊下での偶然の出会いをきっかけに花火と親しくなった二人は、孤独を抱えた者同士として次第にともに過ごす時間を増やしていく。やがて二人は、本当に愛する相手の代わりとして互いを利用することを決め、寂しさを紛らわせるための取り決めのもとで、肉体的な親密さを伴う関係を結ぶ。理想のカップルという表向きの姿の裏で、二人はなおも、解消することのできない感情に囚われ続けている。
