この世の果てで恋を唄う少女YU-NO

有馬拓也は、様々な研究を行っていた歴史家の父を持つ若い学生です。最近、父が行方不明になりました。夏休み中、拓也は行方不明の父から不思議な荷物と、さまざまな平行世界の存在に関する情報が書かれた手紙を受け取ります。最初は真剣に受け止めなかった拓也ですが、すぐに彼は自分が異なる次元に旅することができる装置を持っていることに気づきます。果たして父は生きているのか？もしそうなら、彼はどこにいるのでしょうか？