『ナイツ&マジック』は、現代日本のオタクである倉田翼が交通事故で死に、フレメヴィーラ王国で、並外れた魔術の才能を持つ貴族の子息エルネスティ・エチェバリアとして生まれ変わる物語である。彼が身を置く世界では、魔力で駆動する巨大機動兵器シルエットナイトが文明と、それを脅かす魔獣との間に立ちはだかっており、工学、戦闘、魔術が日常の生存に不可欠な要素となっている。
与えられた人生を受け入れるのではなく、エルネスティはこれらの機体の設計と秘められた可能性に強く惹かれていく。王立ライハイラ学院では、若い男女がシルエットナイトの操縦と王国を魔獣や人間の脅威から守るための訓練を受けているが、彼はそこで魔法、工学、騎士工学を学び、誰も成し遂げたことのない、自分だけのシルエットナイトを作るという不可能ともいえる目標に挑む。双子のアデルトルートとアーキッド・オルターとともに研究を重ねながら、エルネスティは周囲が当然視する限界を押し広げ続け、その飽くなき実験は、身近な人々がこれらの機体にできると考えていることそのものを変え始める。