Kimi wa Meido-sama. は、静かな日常を送っていた横谷人好のもとに、メイド服姿の謎めいた少女が突然現れ、使用人として雇ってほしいと申し出るところから始まる。彼女はかつての主からの紹介状を携えており、その能力は暗殺者として過ごした過去に由来するとあっけらかんと明かすため、誠実であると同時に物騒な存在でもある。人好は当初、警戒して彼女を追い返そうとするが、事故から助けられたことで申し出を受け入れ、彼女を家に迎え入れる。
ぎこちない関係として始まった同居は、やがて少しずつ共に過ごす日常へと変わっていく。彼女は幼いころから身につけた殺しの技以外にはほとんど取り柄がないが、人好は偏見なく受け入れ、暗い過去を断ち切って普通の生活を送るよう促す。人好は彼女に「雪」と名付け、そのささやかな行為が、彼女にとって贖罪、人とのつながり、そして思いも寄らなかった幸福を探す出発点となる。家庭的なコメディ、信頼、そしてやり直しの機会を織り交ぜながら、Kimi wa Meido-sama. は、互いに家庭を築く方法を少しずつ学んでいく二人を軸に物語を展開する。
