『艦隊これくしょん』の世界では、通常兵器では止められない敵対勢力・深海棲艦の脅威が、絶えず海を脅かしている。人類はその対抗手段として、日本の軍艦の魂を宿した少女たち「艦娘」を生み出し、敵を食い止めるために築かれた鎮守府で、艤装を装備して戦わせている。
本作の中心となるのは吹雪である。臆病な駆逐艦型艦娘である吹雪は、新人として鎮守府に赴任し、名高い第三水雷戦隊に配属される。実力不足に圧倒されながら、彼女は自分の限界をはるかに超えた危険な戦いへと送り込まれ、その過程で壊滅寸前に追い込まれるほどの危機にも直面し、自分がまだどれほど学ぶべきかを思い知らされる。それでも吹雪は諦めず、より強くなって、自分が周囲の艦娘たちと肩を並べるにふさわしい存在であることを証明しようと決意する。
このシリーズは、海上戦闘と日常の仲間意識との均衡を保ちながら、海で戦われる戦争の重圧を描く一方で、少女たちを各戦闘へと導く絆、規律、そして決意を強調している。