『かんなぎ』では、御厨仁の幼少期に虫を捕まえ、神と出会ったという記憶が、学校の美術課題「The Tree Spirit」の着想となる。木像を学校へ持って行き、自分の作品を一日眺めて過ごしたいと考えた仁は、ありふれた一日になるとしか思っていなかったが、彫刻は周囲の土を吸い込み始め、やがて「ナギ」という愛らしい少女の姿で突然現れる。
ナギは自らを大地の守護者と名乗り、土地にまつわる「穢れ」を取り除くのを仁に手伝うよう求める。しかし、ナギの樹は切り倒され、力もほとんど失われているため、彼女が穢れを浄化できるのは、魔法の杖と残されたわずかな力だけである。仁の日常が彼女のそれと交わるにつれ、二人は一連の騒がしい日々へと巻き込まれ、ナギの素性、彼女の奇妙な状態、そして二人の間に生まれつつある絆が少しずつ明らかになっていく。風変わりな二人の関係は、互いを理解しようとする中で、日常を笑いと戸惑い、そして静かな温かさの入り混じるものへと変えていく。