『純潔のマリア』は、百年戦争下の中世フランスを舞台とし、強大な力を持つ若き魔女マリアが2体の使い魔と暮らしながら、戦火により荒廃していく農村を見つめる物語である。彼女は、イングランド軍とフランス軍の戦いがもたらす苦しみに心を痛め、戦闘を止め、無辜の人々を守り、両陣営を和平へと向かわせるために、たびたび魔法を用いる。しかし、その行動は天界の不興を買うことになる。人間の世界への介入をやめさせるため、大天使ミカエルが派遣され、彼はマリアに対し、もし処女を失えばその力を奪うと警告する。自らの影響力を恐れる者たちから異端者の烙印を押されても、マリアは屈せず、神の権威にも戦争の残酷な論理にも抗い続ける。
戦いが長引くにつれ、教会は彼女の魔法を奪い、その干渉を完全に終わらせるべく、彼女を陥れる策を巡らせ始める。天使による裁き、教会からの迫害、そして無力な者たちを飲み込む戦争の狭間で、マリアは、たとえどれほどの代償を払おうとも、魔女にも平和のために戦うことはできるのだという信念を抱き続ける。