『Island』は、本土から遠く離れた浦島という離島を舞台に、記憶も故郷も失った男が浜辺に流れ着くところから始まる。彼がはっきり覚えているのは、ある少女を危機から救う使命を帯びた時間旅行者であるということだけである。夜になると、彼は「セツナ」という名を連想させる歌を口ずさむ大原凛音と出会い、自らもその名を名乗ることを決める。
凛音は、別のセツナを知っていることから、彼を使用人として家に迎え入れ、彼が自分の記憶にある人物と同一ではないかと期待する。こうして自らをセツナと名乗る男は、浦島の閉ざされた世界へとさらに深く巻き込まれていく。そこでは、土地に伝わる伝承、三大家、そして発症者を日中に外へ出られなくする風土病が、日常を形づくっている。
セツナは、失われた記憶と浦島そのものの真相を探る一方で、自分をここへ導いた使命を果たすため、急いで行動しなければならない。しかし、島が抱える問題や長く秘められてきた対立を目の当たりにするほど、その目的は曖昧になり、彼は、自らの時の移動が本当に一人の少女の運命を変えるためだけのものだったのかと考え始める。
