『Suicide Squad Isekai』はゴッサムから幕を開ける。ジョーカーとその相棒ハーレイ・クインが金袋を抱えて街を駆け抜け、法執行機関がすぐ後ろに迫る。ジョーカーはどうにか逃走に成功するが、その夜はハーレイが刀を携えた謎の女に捕らえられる形で終わる。
一方、政府の治安組織A.R.G.U.S.の強硬派の長であるアマンダ・ウォラーは、異世界へ向かう非情な任務のため、スーパーヴィランたちのチームを徴用していた。ポータルを通じて送り込んだ最初の自殺部隊との連絡が途絶えたため、アマンダは代役としてデッドショット、ピースメイカー、クレイフェイス、キング・シャーク、そしてハーレイを送り出す。だが任務はほとんど直後に失敗し、彼らのヘリコプターは、騎馬の兵士たちと凶暴なオークの戦闘の真っただ中に墜落する。
同行していたA.R.G.U.S.の隊員は全員、墜落の衝撃で即死し、悪党たちは拘束具から解放されてオークの軍勢を蹂躙し、結果的に人間の兵士たちを助けるが、その報酬として待っていたのは投獄であった。魔力を帯びた拘束具で縛られたハーレイたちは、首に埋め込まれたA.R.G.U.S.の爆弾が爆発する前に、元来たポータルへ急いで戻らなければならない。敵意むき出しのファンタジー世界、自身の暴力的な本能、そしてウォラーの致命的な切り札に挟まれた彼らは、故郷へ帰る方法を見つけるまで生き延びる必要がある。
