『Isekai Cheat Magician』は、普通の高校生である西村太一と、幼なじみの吾妻凛を描く作品である。二人は、謎の光によって魔法と危険な獣、そして絶え間ない危機が存在する異世界へと突然引き込まれ、日常を一変させられる。武器を持たない旅人がかろうじて生き延びられるような土地に放り込まれた二人は、冒険者に救われ、ギルドへと連れて行かれたのち、魔法適性の検査を受ける。その結果、二人とも多くの魔法使いでは到底扱いきれないほどの、並外れた力を秘めていることが判明する。
太一と凛は、自分たちの能力の使い方を学びながら、見慣れない習慣に順応し、苛烈な遭遇を生き延び、そもそもなぜ召喚されたのかという理由を解き明かさなければならない。彼らを取り巻く世界は当初から不安定であり、新たな味方や敵が現れるたびに謎は深まっていく。影では見えない勢力が動く一方で、二人は答えを探すことと、目の前の課題として己の力を習得し、互いに頼り合い、帰る方法を見つけるまで生き延びることの両立を迫られる。