Inu x Boku SSは、名家の箱入り娘として財力と地位に守られて育った白鬼院凜々蝶を描く。自分の意志で生きることを決めた彼女は、住人の誰もが何らかの意味で風変わりな、ひっそりとした高セキュリティの集合住宅Maison de Ayakashiへ移り住む。しかも凜々蝶自身も、人間と妖怪の半人半妖である。
そこで暮らすには、各住人にSecret Serviceのエージェントが一人ずつ割り当てられることになっており、凜々蝶の相棒は御狐神双熾である。彼は一見すると端正で寡黙な護衛だが、驚くほど人懐こく、彼女に対しては不気味なほど従順である。毒舌で、意思疎通が苦手なうえ、高校生活へのぎこちない移行にも悩む凜々蝶は、Maison de Ayakashiに住む奇妙な人々と向き合いながら、新しい住まいを超自然的な隣人たちと共有することのややこしさにも対処しなければならない。
その結果、物語はぎこちない日常、奇妙な絆、そして私的な不安と集合住宅における強制的な近さとの緊張関係を軸に展開する。Maison de Ayakashiでは、あらゆるやり取りが信頼、忍耐、自制心の試練となりうる。