Hotarubi no Mori eは、ある夏に始まり、年月を経て深まっていく静かで繊細な絆を描く物語である。祖父の家で夏休みを過ごしていた6歳の竹川蛍は、精霊が住むと噂される森で迷子になる。動転した彼女の前に現れたのは、仮面をつけた謎めいた少年・ギンであり、彼は彼女を外へ導く役目を買って出る。
2人の初対面で、ギンの存在を支配する掟がただちに明らかになる。人間が一度でも彼に触れれば、彼は永遠に消えてしまうのである。この呪いのため、ギンは安堵して手を伸ばす蛍を前にしても、痛ましいほどの距離を保ち続ける。しかし蛍は、その警戒心の裏にある優しさを忘れることができず、二度と来ないようにという警告を受けても、再び森を訪れる。
季節が移ろうにつれ、蛍とギンは森の中で会い続け、信頼と抑制、そして成長していく少女と、自分の世界を同じ形では共有できない精霊との間にある、越えられない境界によって形作られた関係を築いていく。Hotarubi no Mori eは、そのつながりを、友情、焦がれる思い、そして運命が2人の間に置く境界の繊細な物語へと昇華させている。