『Infinite Dendrogram』の舞台は2043年であり、世界初の完全ダイブ型VRMMOの実用化がついに実現している。五感を完全に再現できるこのゲームは、無限の可能性を掲げる広大で生きた世界への扉を開く。サービス開始からほぼ2年後、まもなく大学生になる六堂玲二はこのゲームを購入し、初めてログインする。経験豊富な兄の修と相棒のエンブリオの助けを得て、玲二はあらゆる選択、遭遇、戦いが予想外の展開につながりうる世界へ足を踏み入れる。
玲二が『Infinite Dendrogram』を探索するにつれ、このゲームのリアリズムが単なる技術的驚異ではないことをすぐに知る。それは、危険、発見、そして人間的成長によって形づくられる冒険を生み出し、仮想世界と意味ある旅との境界を徐々に曖昧にしていく。最先端のVRMMOへの玲二の初ダイブとして始まった物語は、やがて決意、信頼、そして生きているかのような世界の中で築かれる絆を描くものとなり、至るところに待ち受ける試練によって、その無限の可能性の約束が試されていく。