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『Hundred』は、サベージの襲撃を生き延びた少年・ハヤト・キサラギが、地球外の怪物に対抗できる人類唯一の確かな兵器であるHundredとの適性が最も高いと判明するところから始まる。その稀有な適性によって彼はリトルガーデンへ送られる。リトルガーデンは、学生たちがそのシステムの運用を学び、世界に迫る脅威に立ち向かうために訓練を受ける、戦艦を基盤とした軍事学校である。 リトルガーデンでの生活は、最初から過酷である。ハヤトは戦闘訓練や技術教育、絶え間ない競争に追われる一方で、戦場への備えと学生生活特有の緊張が同居する学校に順応しようとする。やがて彼は複数の女子生徒と関わりを持つようになり、学院の日常を乱す奇妙な事件にもたびたび巻き込まれていく。厳しい授業、不安定な同盟関係、そしていつ起こるとも知れないサベージの再襲撃の可能性の狭間で、ハヤトはリトルガーデンで生き延びる術を学び、人類の未来を守る力になれることを証明しなければならない。