『ハチミツとクローバー』は、美術大学に通う2年生・竹本祐太を中心に描く。彼は、慢性的な無断欠席のために卒業を何度も逃している風変わりな真山修一と、竹本の面倒をよく見る頼れる上級生・森田巧実という2人の先輩と、安アパートで共同生活を送っている。スケッチブックと気まずい沈黙、そしてささやかな日々の成功に囲まれながら、3人は、自分たちが将来に何を求めているのか、そして互いに何を求めているのかを探りつつ、キャンパスライフの中を漂っていく。
春の日、竹本は愛らしい花本はぐみに出会い、一目で恋に落ちる。小柄な体つきとは裏腹に、はぐみは芸術の分野で驚異的な才能を持っており、竹本の大学に入学すると、すぐにこの複雑に絡み合った人間関係の輪に加わる。彼女は、すでに3人の同居人を知っており、そのうちの1人にひそかに深い想いを寄せている人気者の陶芸専攻・山田あゆみと親しくなる。友情が深まる一方で恋の行方は定まらないまま、『ハチミツとクローバー』は、若さの戸惑い、優しさ、自己発見を捉えながら、登場人物たちを結び付ける絆も見失わない。