『Green Green』の舞台は、田舎にある男子寮制の金鐘学園である。周囲に女子生徒がまったくいないため、そこでの生活はひどく退屈なものとなっていた。この社会的・心理的な問題に対処するため、学園理事会は大胆な実験を企画し、金鐘学園を最寄りの女子寮制学校と統合して男女共学にすることを決める。男子生徒たちはその展開に大喜びし、女子生徒たちも近くに男子がいる学校生活がどのようなものか興味を抱く。正式な決定が下される前に、女子生徒たちは試験的に1か月間、金鐘学園で過ごすよう招かれる。
騒動の中心にいるのは高崎ユウスケと、いたずら好きな同室者たちである「バカ（阿呆）トリオ」で、彼らはやって来る女子生徒たちを前に、どうにか恥をかかずに学園生活を乗り切らなければならない。女子生徒たちがスクールバスで到着すると、場の空気はたちまち奇妙で、思春期特有の熱気と騒然としたものに変わる。とりわけ千歳みどりは、バスを降りるなり困惑するユウスケにいきなり抱きつき、彼が生来の女たらしなのか、それとも本人もまだ知らない二人の間の過去があるのか、周囲をいぶかしがらせる。
